Mjólkursamsalan í núverandi mynd hefur starfað frá 2007 en á tíunda áratugi síðustu aldar hófst skipulögð hagræðing í mjólkuriðnaði þegar stjórnvöld ákváðu að lækka þyrfti kostnað við vinnslu á mjólk. Sameinaðist rúmur tugur félaga í mjólkuriðnaði í færri einingar næsta áratuginn. Mjólkurbú Flóamanna sameinaðist Mjólkursamsölunni í Reykjavík árið 2005 undir nafninu MS og áður höfðu Mjólkursamlög KEA og Húsavíkur runnið saman við Grana, einkahlutafélag í eigu bænda, undir nafni Norðurmjólkur. Þá var Mjólkursamlag Ísfirðinga selt til MS árið 2006 og runnu þessar sameinuðu mjólkurvinnslur síðar saman og mynduðu Mjólkursamsöluna ásamt Osta og smjörsölunni árið 2007. Elsta fyrirtækið í sameinaðu félagi Mjólkursamsölunnar er Mjólkursamlag KEA, sem var stofnað á sérstökum fulltrúafundi Kaupfélagsins 4. september 1927, sem telst vera stofndagur MS.
